کلیسای قبطی در مصر مجموعه ای از آیین قدیم اسطوره ای قبطیان، افکار یونانی بخصوص افلاطون، اخلاق رواقی، ثنویت شرقی، الهیات توحیدی و ادیان موسی و عیسی(ع) بود که از دوران بطالسه در قبل از میلاد مسیح تا قرن هفتم میلادی فعالیت داشت. مرکز آن اسکندریه بود. عنصر غالب در این مکتب از لحاظ فلسفی، تفکر نوافلاطونی و از نظر دیانت مسیح نیز ایده مونوفیزیت (یک طبیعتی) داشت که مخالف کلیسای دولتی بیزانس بوده است. چون مصر به وسیله مسلمین در 640 م فتح شد، فرهنگ و عرفان اسلامی از عناصر علمی آن تاثیر پذیرفت.